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La Facultad de Medicina aparece como parte de la Universidad de Sevila en los documentos más antiguos de ésta, concretamente en la Bula concedida el año 1508. Sin embargo, aquella primitiva Facultad se extinguió en 1845, como consecuencia de las reformas del llamado Plan Pidal.

El origen de la actual fue la Escuela Libre de Medicina, fundada en octubre de 1868 por la Junta Revolucionaria de Sevilla. Pero la persona que inspiró su creación fue Federico Rubio. La sede se fijó en el antiguo convento de Madre de Dios. Esta Escuela no se integró en la Universidad de Sevilla hasta el año 1917.

En la actualidad, es una de las facultades españolas con mayor número de estudiantes y de profesores. La docencia clínica se desarrolla en tres grandes hospitales universitarios: Virgen Macarena, Virgen del Rocío y Virgen de Valme. Además, hay numerosos grupos de investigación que trabajan en los departamentos de Medicina.